Fusões no recetor do fator de crescimento de fibroblastos 2 (FGFR2) no colangiocarcinoma intra-hepático (iCCA)

Alterações genómicas nos recetores do fator de crescimento de fibroblastos (FGFRs)

Os FGFRs são uma família de recetores da tirosina quinase.^1,2
A via de sinalização do FGFR tem um papel central em vários processos celulares, incluindo a proliferação, a migração e a sobrevivência celular^1,2

As alterações genéticas do FGFR foram identificadas como promotores da tumorigénese em várias neoplasias, incluindo o iCCA, o carcinoma urotelial, as neoplasias mieloides/linfoides e outros tumores malignos^1,3,4

Foram observadas amplificações, mutações e fusões em todos os subtipos de FGFR (FGFR1–4).⁵ No iCCA têm sido frequentemente identificados rearranjos cromossómicos que envolvem o FGFR2, resultando na criação de proteínas de fusão oncogénicas⁶
- As fusões de genes são um tipo de alteração genómica em que dois genes independentes, ou duas porções de genes, ficam justapostas, resultando num gene híbrido^7,8
- O aparecimento de proteínas de fusão com material oncogénico pode ter origem em eventos de fusão em que estão envolvidos diferentes pares de genes⁷

Alterações genómicas no FGFR

Figura baseada em Jain A, et al. 2018,⁵ Lowery MA, et al. 2018,⁹ e Shibata T, et al. 2018.¹⁰

Fusões FGFR2

Em 10–16% dos casos de iCCA ocorrem fusões ou rearranjos do FGFR2^5,11-13
As fusões FGFR2 causam uma ativação independente de ligando das via de sinalização a jusante, que leva à tumorigénese^1,14,15

Anomalias na via de sinalização do FRGR2

Figura adaptada de Babina IS, Turner NC. 2017,¹ Moeini A, et al. 2015,¹⁴ e Touat M, et al. 2015.¹⁵

É necessária a determinação do perfil molecular do tumor para identificar a fusão FGFR2.^5,9 A positividade da fusão FGFR2 deve ser determinada através de um teste de diagnóstico adequado⁷
Nas fusões FGFR2 existem vários parceiros com que o FGFR2 se pode fundir.⁹ Para identificar os doentes com colangiocarcinoma (CCA) positivo para a fusão FGFR2, é importante escolher um ensaio que:
- Detete especificamente as fusões FGFR2 (diferentes das mutações pontuais do FGFR2)^16,17
- Detete a fusão do FGFR2 com um conjunto alargado de possíveis parceiros de fusão^16,17
A diversidade molecular do CCA permite a utilização da sequenciação de nova geração (NGS), baseada em DNA ou RNA, como ensaio de referência para detetar fusões conhecidas ou novas, bem como rearranjos do FGFR2¹⁸

Métodos de testagem para detetar fusões FGFR2

Para detetar fusões FGFR2 podem ser usados vários métodos com diferentes especificidades⁷

Clique num método de teste para ver as vantagens e os desafios associados

Menos adequada^7,19–27

Mais adequada^7,19–27

Menos adequada^7,19–27

Mais adequada^7,19–27

A Sociedade Europeia de Oncologia Médica (ESMO) recomenda a utilização de NGS como método de rotina para a deteção de fusões FGFR2 no CCA avançado²⁸

É essencial uma abordagem baseada numa equipa multidisciplinar para otimizar os cuidados prestados aos doentes com iCCA²⁹

Como parte desta abordagem multidisciplinar, deve ser considerada a determinação do perfil molecular do tumor nas fases iniciais da jornada de tratamento do doente

Fatores a ter em conta na determinação do perfil molecular do tumor:³⁰
- Determinar quais os genes clinicamente relevantes a pesquisar
- Compreender os requisitos da amostra (quantidade e qualidade)
- Compreender os pontos fortes e fracos das diferentes metodologias de testagem
- Conhecer o tempo até à obtenção dos resultados
- Compreender as implicações clínicas dos resultados do teste

Os sistemas externos de controlo da qualidade são essenciais para assegurar uma pesquisa de biomarcadores precisa e fiável³¹

REFERÊNCIAS: 1. Babina IS, Turner NC. Nat Rev Cancer. 2017;17:318–32. 2. Turner N, Grose R. Nat Rev Cancer. 2010;10:116–29. 3. Pandith AA, et al. Urol Oncol. 2013;31:398–406. 4. Gallo LH, et al. Cytokine Growth Factor Rev. 2015;26:425–49. 5. Jain A, et al. JCO Precis Oncol. 2018;2:1–12. 6. Fangda L, et al. Cytokine Growth Factor Rev. 2020;52:56–67. 7. DeLuca A, et al. Int J Mol Sci. 2020;21:6856. 8. Latysheva S, Babu M. Nucleic Acids Research. 2016;10:4487–50. 9. Lowery MA, et al. Clin Cancer Res. 2018;24:4154–61. 10. Shibata T, et al. Cancer Sci. 2018;109:1282–91. 11. Ross JS, et al. Oncologist. 2014;19:235–42. 12. Farshidfar F, et al. Cell Rep. 2017;18:2780–94. 13. Graham RP, et al. Hum Pathol. 2014;45:1630–8. 14. Moeini A, et al. Clin Cancer Res. 2015;22:291–300. 15. Touat M, et al. Clin Cancer Res. 2015;21:2684–94. 16. Silverman IM, et al. Cancer Discov. 2021;11:326–39. 17. Barr FG. Expert Rev Mol Diagn. 2016;16:921–3. 18. Abou-Alfa GK, et al. Lancet Oncol. 2020;21:671–84. 19. Malka D, et al. EMJ Oncol. 2020;8:82–94. 20. Peter M, et al. Lab Invest. 2001;91:905–12. 21. Arai Y, et al. Hepatology. 2014;59:1427–34. 22. Abel H, et al. J Mol Diagn. 2014;16:405–17. 23. Beadling C. J Mol Diagn. 2016;18:165–75. 24. Hu L, et al. Biomark Res. 2014;2:3. 25. Maruki Y, et al. J Gastroenterol. 2021;56:250–60. 26. Serratì S, et al. Onco Targets Ther. 2016;9:7355–65. 27. Jennings LJ, et al. J Mol Diagn. 2017;19:341–65. 28. Mosele F, et al. Ann Oncol. 2020;31:1491–505. 29. Patel T. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2011;8:189–200. 30. Damodaran S, et al. Am Soc Clin Oncol Educ Book. 2015;e175–82. 31. Dufraing K, et al. Virchows Arch. 2021;478:553–65.

Imuno-histoquímica (IHQ)^7,17

Vantagens	Desafios
Processo pouco dispendioso Permite detetar fusões quando os rearranjos conduzem a uma sobre-expressão da proteína de fusão Pode fornecer informações sobre a fusão dependendo da localização da proteína	Sensibilidade muito baixa para identificar fusões raras Muitas técnicas de IHQ utilizam anticorpos que não têm a capacidade de diferenciar proteínas de FGFR2 não mutado de proteínas de fusão Nenhum método de IHQ comprovou ter uma sensibilidade suficiente para detetar fusões FGFR

Reação em cadeia da polimerase com transcriptase reversa (RT-PCR)^17,20,21

Vantagens	Desafios
Elevada sensibilidade A pesquisa pode ser efetuada com um painel multiplex que cobre várias fusões numa única reação É fácil de executar em amostras clínicas fixadas em formalina e embebidas em parafina	O método é limitado a fusões do gene FGFR2 com parceiros de fusão conhecidos Exige um conhecimento prévio de ambos os parceiros de fusão; não é possível detetar parceiros novos As sondas do teste têm de ser desenhadas especificamente para cada combinação de fusão Sensível à contaminação cruzada associada à transferência dos produtos de PCR

Hibridização in situ de fluorescência (FISH)^7,22-25

Vantagens	Desafios
Processo pouco dispendioso Método bem estabelecido e disponível na maioria dos laboratórios de análises clínicas Não requer células vivas É fácil de executar em amostras clínicas fixadas em formalina e embebidas em parafina A utilização de sondas FISH separadas permite detetar parceiros de fusão desconhecidos Obtenção de resultados relativamente rápida	Método com baixa resolução Essencialmente limitado à deteção de rearranjos a nível de DNA Normalmente os rearranjos complexos não são fáceis de detetar Os rearranjos intracromossómicos, que representam cerca de 50% das fusões FGFR2 no colangiocarcinoma intra-hepático, podem dar origem a resultados falsos negativos A utilização de sondas FISH break apart não permite identificar o parceiro de fusão Método trabalhoso, que tem de ser executado por patologistas experientes

Vantagens

Desafios

Processo pouco dispendioso
Método bem estabelecido e disponível na maioria dos laboratórios de análises clínicas
Não requer células vivas
É fácil de executar em amostras clínicas fixadas em formalina e embebidas em parafina
A utilização de sondas FISH separadas permite detetar parceiros de fusão desconhecidos
Obtenção de resultados relativamente rápida

Método com baixa resolução
Essencialmente limitado à deteção de rearranjos a nível de DNA
Normalmente os rearranjos complexos não são fáceis de detetar
Os rearranjos intracromossómicos, que representam cerca de 50% das fusões FGFR2 no colangiocarcinoma intra-hepático, podem dar origem a resultados falsos negativos
A utilização de sondas FISH break apart não permite identificar o parceiro de fusão
Método trabalhoso, que tem de ser executado por patologistas experientes

Sequenciação de nova geração (NGS)^{7,22,23,26,27}

Vantagens	Desafios
Vários marcadores analisados simultaneamente numa única amostra Elevada sensibilidade e especificidade Permite detetar fusões conhecidas e novas, independentemente dos pontos de quebra ou dos parceiros de fusão (dependendo do método de preparação da biblioteca) Estão disponíveis kits comerciais que incluem fusões de genes Baseada em RNA: permite distinguir fusões de genes transcritos sem alteração na grelha de leitura de fusões com alteração da grelha de leitura e evitar as dificuldades de sequenciar grandes regiões intrónicas	Obtenção de resultados demorada Pouco económica para uma pequena quantidade de amostras Requer bioinformáticos e pessoal treinado Baseada em DNA: a deteção de novas fusões pode ser baixa, especialmente quando estão envolvidas grandes regiões intrónicas Baseada em RNA: a sensibilidade depende dos níveis de expressão do novo gene de fusão; o RNA é menos estável do que o DNA

Vantagens

Desafios

Vários marcadores analisados simultaneamente numa única amostra
Elevada sensibilidade e especificidade
Permite detetar fusões conhecidas e novas, independentemente dos pontos de quebra ou dos parceiros de fusão (dependendo do método de preparação da biblioteca)
Estão disponíveis kits comerciais que incluem fusões de genes
Baseada em RNA: permite distinguir fusões de genes transcritos sem alteração na grelha de leitura de fusões com alteração da grelha de leitura e evitar as dificuldades de sequenciar grandes regiões intrónicas

Obtenção de resultados demorada
Pouco económica para uma pequena quantidade de amostras
Requer bioinformáticos e pessoal treinado
Baseada em DNA: a deteção de novas fusões pode ser baixa, especialmente quando estão envolvidas grandes regiões intrónicas
Baseada em RNA: a sensibilidade depende dos níveis de expressão do novo gene de fusão; o RNA é menos estável do que o DNA

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Fusões no recetor do fator de crescimento de fibroblastos 2 (FGFR2) no colangiocarcinoma intra-hepático (iCCA)

Fusões FGFR2

Métodos de testagem para detetar fusões FGFR2

A Sociedade Europeia de Oncologia Médica (ESMO) recomenda a utilização de NGS como método de rotina para a deteção de fusões FGFR2 no CCA avançado28

É essencial uma abordagem baseada numa equipa multidisciplinar para otimizar os cuidados prestados aos doentes com iCCA29

Os sistemas externos de controlo da qualidade são essenciais para assegurar uma pesquisa de biomarcadores precisa e fiável31

A Sociedade Europeia de Oncologia Médica (ESMO) recomenda a utilização de NGS como método de rotina para a deteção de fusões FGFR2 no CCA avançado²⁸

É essencial uma abordagem baseada numa equipa multidisciplinar para otimizar os cuidados prestados aos doentes com iCCA²⁹

Os sistemas externos de controlo da qualidade são essenciais para assegurar uma pesquisa de biomarcadores precisa e fiável³¹